Cet article défend la thèse selon laquelle le malaise dans la liberté académique dans les Universités africaines peut s’apprécier à partir de deux concepts de la liberté académique : l’une dite liberté académique négative et l’autre liberté académique positive. Les deux s’articulent dans leurs différentes caractéristiques pour donner à voir la liberté académique comme l’un des moyens et fins du développement de l’Université ; et alors de sa privation en termes de capabilités ou d’aliénation comme l’une des sources du sous-développement des Universités africaines. Ces dernières sont soumises à une double dépendance : à la fois politique et économique qui plombe leur autonomie organique, substantielle et procédurale. En suivant la méthode analytique, l’objectif ici vise à montrer les influences de la manière d’administrer l’Université sur le fonctionnement de la liberté académique et les implications sur cette institution en Afrique. L’enjeu ici se dévoile au travers du rejet de toutes les formes d’aliénation de la liberté académique et la clarification des conditions de sa valorisation tant dans l’enseignement que la recherche et l’appui au développement.